Der Greifvogel ist relativ störungsempfindlich und steht damit in unserer von intensiver Forstwitschaft und Nahrerholung geprägten Wäldern oft im Spannungsfeld zwischen Naturschutz, Wirtschaftsinteressen und Freizeitnutzung.

Schon seit den 1980er Jahren erfassen NABU-Mitglieder jährlich den Bestand des Rotmilans in der Region, kontrollieren den Bruterfolg und sorgen für den Schutz der Nistbäume. Gezielte Verfolgung ist -anders als z.B. im Münsterland oder am Niederrhein - bei uns zum Glück selten, aber vor allem die Gewinnung von Brennholz durch Selbstwerber ist gerade während der Brutzeit ein besonderer Gefährdungsfaktor. Immer wieder müssen Waldarbeiter gebeten werden, in der Nähe von Rotmilanhorsten auf Arbeiten zu verzichten und diese in die kalte Jahreszeit zu verlegen. Mit den lokalen Forstämtern wurden Horstschutzzonen vereinbart - als Brennholz verkauftes Kronenholz wird hier heute nur noch an den Wegen zerkleinert und nicht mehr in den empfindlichen Waldbeständen selbst.

Im Rahmen eines Programms der Vogelschutzwarte Helgoland werden in manchen Jahren einige Jungvögel mit wissenschaftlichen Vogelringen versehen, um Wanderbewegungen zu untersuchen und so mehr Informationen zum Schutz des Rotmilans zu bekommen.